Утвердження Української (Руської) Церкви в Речі Посполитій не було тривалим. Через ослаблення та поділи держави в 1772-му, 1793-му й 1795 роках Російська імперія поширювала свою владу на суміжні українські землі, супроводжуючи це репресіями проти «уніатів» та насильницьким «наверненням» їх у Московську Церкву. У 1768–1796 роках під владу Москви потрапила Правобережна Україна, 1839 року — Західна Білорусь і Північна Волинь, 1875-го — Холмщина й Підляшшя. А православну частину Київської митрополії ще в 1685–1686 роках було прилучено до Московського патріархату.

Водночас у західній частині України дедалі більше прихильників здобувала ідея православно-католицької церковної єдності. У 1646 році на Соборі в Ужгороді вирішила відновити сопричастя з Римом частина духовенства Мукачівської єпархії, територія якої впродовж століть перебувала під угорським пануванням. Укладення Ужгородської унії відбулося на засадах, подібних до Берестейського поєднання, а серед її передумов важливу роль відіграла протидія поширенню протестантизму та прагнення до зрівняння в правах із римо-католиками. Однак утвердитись унія змогла тут лише в середині XVIII століття — після переходу всього Закарпаття під владу Австрійської монархії Габсбургів.

Важливе значення для зміни характеру взаємин між християнами різних традицій спершу на Закарпатті, а пізніше й у Галичині, яка після першого поділу Речі Посполитої (1772 р.) перейшла до складу Австрійської монархії, мала просвітницька політика Габсбургів. Греко-католицька ієрархія (саме так стали офіційно називати «уніатів» за розпорядженням Марії Терези з огляду на їхній східний — «грецький» — обряд і західну — «римську» — юрисдикційну приналежність) здобула визнання й підтримку імператорського уряду, які виявлялися у формальному зрівнянні в правах з римо-католиками, відкритті доступу до загальної та богословської освіти, зокрема й рідною мовою, забезпеченні мінімального матеріального становища та організаційному оформленні церковно-адміністративних структур (1771 р. узаконено самостійність Мукачівської єпархії, від якої в 1818-му відокремлено Пряшівську єпархію).

У 1808 році було відновлено Галицьку митрополію з осідком у Львові.

Габсбурзькі реформи зумовили утвердження принципів віротерпимості й поваги до свободи сумління, а також інтеграцію українських християн та їхніх церковних структур у державно-політичне життя. Греко-Католицькій Церкві Галичини судилося відіграти особливу роль в українському національному русі. Хоча й більшість греко-католицького духовенства наприкінці XVIII — у першій половині XIX століття була сполонізована, частина нижчого духовенства й семінаристів під проводом «Руської трійці» — Маркіяна Шашкевича, Івана Вагилевича та Якова Головацького — у 30-х роках XIX століття звернула свої погляди до простолюду. Освічені люди прагнули осмислити його історичне минуле, культурну спадщину й суспільні потреби та пропагували ідею єдиного руського народу, розділеного між двома імперіями та відмінного від поляків і росіян. Саме ця ідея лягла в основу політичної платформи перших національних інституцій, які виникли під час революції 1848–1849 років з ініціативи та під керівництвом греко-католицької ієрархії: Головної руської ради, «Галицько-Руської матиці» (літературно-освітнє товариство, метою якого була просвітницька діяльність серед українців через прицерковні школи, видання книжок тощо), Народного дому та ін. У 1868 році було створено товариство «Просвіта», яке проводило освітню роботу серед українського селянства. У кожному місті та селі виникли свої осередки «Просвіти» з читальнями, якими керували місцеві священики. Найвідоміші українські громадсько-політичні та культурні діячі часто були членами цієї організації.