Період Другої світової війни — один із найскладніших у історії Української Греко-Католицької Церкви. 1939 року Польщу окупували німецькі війська, а Західну Україну — радянські. У той час УГКЦ налічувала 2387 парафій і 3,6 млн. вірних, 2352 єпархіальні священики, 31 чоловічий і 121 жіночий монастирі й чернечі доми. Під опікою Церкви діяли Греко-католицька богословська академія у Львові та три духовні семінарії, у яких навчалося 480 студентів.

Радянська влада сприймала Українську Церкву як серйозну перешкоду в реалізації політики радянізації регіону. Тому сталінський режим відразу розпочав наступ на УГКЦ. Влада організувала широку кампанію переслідувань, залякування й дискредитації греко-католицького єпископату та духовенства, звинувачуючи їх у зв’язках із націоналістичним підпіллям та «антирадянськими» осередками за кордоном. Керівництво Церкви мало зважати на нові реалії. 22 грудня 1939 року з дозволу Ватикану митрополит Андрей таємно висвятив отця Йосифа Сліпого (1892–1984 рр.) на єпископа з правом наступництва на галицькому митрополичому престолі.

На початку війни між СРСР та нацистською Німеччиною в 1941 році Західна Україна була окупована німецькими військами. 30 червня 1941-го представники українських організацій проголосили Акт відновлення Української державності, і митрополит Андрей Шептицький висловив підтримку цій ініціативі. Проте через два тижні німецька влада почала репресії проти українців. Уже тоді Греко-Католицька Церква розпочала підпільну діяльність, зокрема в соборі Святого Юра та в монастирях під опікою митрополита Андрея переховувалися сотні представників єврейської громади.

Після повернення радянських військ на західноукраїнські землі у 1944-му та смерті митрополита Андрея (1 листопада) провід УГКЦ здійснив спробу досягнути з радянською державою modus vivendi, тобто можливості співіснувати, незважаючи на різність поглядів. З цією метою у грудні 1944 року митрополит Йосиф Сліпий вислав до Києва та Москви офіційну делегацію на чолі з архімандритом Климентієм Шептицьким, яка мала узаконити статус УГКЦ в СРСР. Однак 15 березня 1945 року Сталін затвердив таємну інструкцію № 58, підготовлену головою ради у справах російської православної церкви Г. Карповим, перший розділ якої називався «Заходи щодо відриву Греко-Католицької (Уніатської) Церкви в СРСР від Ватикану та подальшого її приєднання до Російської Православної Церкви». В інструкції було вказано: «організувати в місті Львові православну єпархію, надавши її Главі титул єпископа Львівського і Тернопільського, котрий об’єднає православні приходи [яких ще не існувало] Львівської, Станиславської, Дрогобицької і Тернопільської областей». В іншому пункті йшлося про необхідність створити «всередині Уніатської Церкви ініціативну групу, яка повинна буде декларативно заявити про розрив з Ватиканом і закликати уніатське духовенство до переходу на православ’я».

На той час у межах України серед структур УГКЦ залишилися Львівська архієпархія, Станиславівська єпархія і більшість Мукачівської, а також значна частина Перемишльської єпархії, поділеної новим кордоном із Польщею.

Згідно з чітко окресленим планом каральні органи фабрикували справи про «співпрацю з фашистами» й «антирадянську діяльність» ієрархії та духовенства УГКЦ. 11 квітня 1945 року було арештовано митрополита Йосифа Сліпого, а згодом і інших єпископів, а управління Церквою передано в руки створеної наприкінці квітня 1945-го ініціативної групи із «возз’єднання» Греко-Католицької Церкви з Православною Церквою. Ініціативну групу очолив отець Гавриїл Костельник.

На так званому Львівському соборі 8–10 березня 1946 року, який був організований органами державної влади й держбезпеки в співпраці з членами ініціативної групи, було прийнято одноголосне рішення «відкинути постанови Берестейського Собору 1596 р., ліквідувати Унію, відірватися від Ватикану й повернутися до нашої батьківської святої православної віри та Руської Православної Церкви». Цей акт від початку і до кінця був справжнісіньким фарсом, а тому як з точки зору церковного права, так і державного законодавства не був правомірним. Але УГКЦ вважалася офіційно ліквідованою, а її парафії та вірні були поглинуті РПЦ.

Така сама доля спіткала ті частини УГКЦ, котрі опинилися на території повоєнної Польщі. Позбавлена власної ієрархії та розпорошена греко-католицька громада на кілька десятиліть була підпорядкована римо-католицьким церковним структурам і перебувала під постійним тиском державних органів влади. У такий же спосіб були поглинуті греко-католики Мукачівської (1949) та Пряшівської єпархій (1950).